現在の酒田運輸区のなごり。庄内総括センターとして2022年3月12日発足。酒田駅、鶴岡駅、酒田運輸区を統合したもの。
酒田の車両基地は1914年12月14日設置の酒田機関庫のち統廃合を行い1936年9月1日酒田機関区となって蒸気機関車1972年10月の電化完成後電気機関車EF81の基地となった。EF81は国鉄分割民営化直前の1985年3月長岡運転所に転属するが酒田機関区の札をつけて活躍をした。
1951年4月1日酒田客貨車区設置。客車の基地で1978年10月には新潟鉄道管理局で最初に50系客車が投入された。
1986年3月3日 酒田機関区と酒田客貨車区を統合して酒田運転区、国鉄分割民営化後JR東日本に移行後の1989年10月16日酒田運輸区となった。
1989年7月1日 客車列車廃止で50系は転出して配置車両はなくなった。
酒田機関区の区名札は「酒」 客車の表記は「新サカ」であった。
今は規模も縮小したがかろうじてわずかに残る車庫に往年をしのぶことができる。