EH200の主たる運用は新潟貨物ターミナルと隅田川など首都圏への運用である。
直流機関車であるEH200が2015年ダイヤ改正で信越本線黒井まで定期運用を持つようになった。
2009年のダイヤ改正でEF64牽引貨物列車の定期運用が無くなり長らく途絶えていた。（以降は時折EH200が代走あり）EF64も南長岡～黒井間80レ～85レの1往復だった。
国鉄時代は信越本線山岳区間用EF62も1986年11月ダイヤ改正まで走っていたし1979年秋のダイヤ改正までは長岡運転所EF15（一部EF16も）とEF58も入っていた。1979年に老朽機関車置き換えの為EF81137～152がつくられ一気にEF15を置き換えていった。1980年には南長岡～直江津間の貨物列車はEF81が中心でEF62が数往復入る方式となって国鉄分割民営化を迎える。1986年11月ダイヤ改正からEF62に代わってEF641000番代が入りそれが2009年のダイヤ改正まで続いた。
